磁芯基本結構有：
①疊片，通常由硅鋼或鎳鋼薄片沖剪成E、I、F、O等形狀，疊成一個鐵芯。
②環形鐵芯，由O型薄片疊成，也可由窄長的硅鋼、合金鋼帶卷繞而成。
③C形鐵芯，此種鐵芯可免去環形鐵芯繞線困難的缺點，由二個C型鐵芯對接而成。
④罐形鐵芯，它是磁芯在外，銅線圈在里，免去環形線圈不便的一種結構形式，可以減少 EMI。缺點是內部線圈散熱不良，溫升較高。
高頻變壓器設計時選擇磁芯結構應考慮的因素：降低漏磁和漏感，增加線圈散熱面積，有利于屏蔽，線圈繞線容易， 裝配接線方便等。
在高頻變壓器磁芯結構設計中，對窗口面積的大小，要綜合考慮各種因素后來決定。為了防止高頻電源變壓器從里向外和從外向里的電磁干擾，有些磁芯結構在窗口外面有封閉和半封閉外殼。封閉外殼屏蔽電磁干擾作用好，但散熱和接線不方便，必須留有接線孔和出氣孔。半封閉外殼，封閉的地方起屏蔽電磁干擾作用，不封閉的地方用于接線和散熱。如果窗口完全開放，接線和散熱方便，屏蔽電磁干擾作用差。